Восстание Мухаммеда Тапара
Прошло немного времени после того, как Султан Беркярук урегулировал внутреннюю жизнь страны, а тут вспыхивает восстание его брата, вали города Гендже, Мухаммеда Тапара. К восстанию Мухаммеда Тапара подтолкнул визирь Беркярука Мюеййед эль-Мюльк. Он, захватив Азербайджан, продвинулся до города Рей и вскоре вошел в этот город (20 сентября 1099 года). Беркярук понял, что ничего не сможет сделать против перехода войск на сторону Мухаммеда, и отошел в Хузистан. В это время, мать Беркярука Зюбейде Хатун была задушена визирем Мухаммеда Мюеййед эль-Мюльком в городе Рей. Беркярук привлек на свою сторону эмиров Ирака и создал новую армию. В Багдаде снова упоминалось его имя при чтении молитвы. Первая война между двумя сторонами закончилась не в пользу Беркярука (16 мая 1100 года).
Беркярук, с целью найти помощь, отправился в Хорасан, но правящий в этом районе Сенджер отдал предположение брату Мухаммеду Топару. Беркярук снова отправился в Хузистан и здесь нашел себе поддержку. Две стороны снова сошлись в битве при Хамедане (апрель 1101 года). Эту битву проиграл Мухаммед Тапар и вынужден был сбежать в Хорасан к брату Сенджеру.
Кроме того, визирь Мюеййед эль-Мюльк попал в плен к Беркяруку и был убит. После войны Беркярук с большим количеством воинов отправился в Багдад, однако он, возможно по причине финансового затруднения, не сумел использовать эту силу. Мухаммед и Сенджер, набрав новую армию, тоже двинулись на Багдад. Беркярук оставив в покое Багдад, вынужден был отойти в Хузистан. Войска обоих сил третий раз вышли одна против другой в районе города Рудравер.
туда приехали Мустазхир с учеными людьми и предотвратили войны. Два брата пришли к соглашению (23 декабря 1101 года). Согласно этому соглашению Беркярук был признан «султаном», а Мухаммед Тапар – «царем». В правление Мухаммеду были переданы Ерран, Азербайджан, Диярбекир, эль-Джезире и Мусул. Беркярук оставался править на остальных территориях. Мухаммед Тапар, который был не довольный результатами соглашения, через два-три месяца снова проиграл пять раз «марш», как символ власти, и объявил себя султаном. Султан Беркярук сразу же вышел против него и выиграл под городом Рей четвертую войну.
Мухаммед сбежал и укрылся в Исфахане. Беркярук хотя и осаждал его на протяжении девяти месяцев, так и не смог добиться успеха. Мухаммед сбежал с Исфахана (1103) и в Азербайджане собрал новую армию. У города Рей произошла пятая и последняя война между этими сторонами (март-апрель 1103 года). Мухаммед проиграл войну и предпочел сбежать. Однако, Беркярук был уже больным и к тому же войны ему очень надоели.
Поэтому, он предложил Мухаммеду Тапару заключить соглашение. Согласно этому соглашению, Государство Великих Сельджуков было разделено на две части, а граница проходила по реке Сефидруд, что в Азербайджане. Мухаммед Тапар был признан «султаном» на территориях Азербайджана, Диярбекира, эль-Джезире, Мусула и Сирии. Беркярук же оставил себе в правлении такие важные города и районы как Рей, Джибал, Таберистан, Фарс, Хузистан, Багдад, Мекку, Медину (1104).
Султан Беркярук затем не долго прожил спокойной жизнью далекой от разных восстаний и в двадцать пять лет умер от туберкулеза (23 декабря 1104 года). Его двенадцатилетний султанат прошел в постоянной борьбе, его правление усложнялось возникшими в большом количестве восстаниями. Не смотря на это, борьба за престол в Сельджукском Государстве стала причиной задержки развития этого государства в этот период. Историки характеризуют султана, как добродетельного и справедливого человека.