Победы Беркярука на востоке
то время, когда Беркярук сражался за султанат с соперниками на западе, на востоке государства член другого рода, дядя Беркярука Арслан Аргун провозгласил о своей независимости. Взяв под свое господство такие города, как Мерв, Тирмиз и Нишабур, он расширил территории своего влияния. После того как Беркярук разобрался со своими соперниками на западе, он решил закончить дело Арслана Аргуна. Беркярук отправил против него своего другого дядю Бори-Барса. Бори-Барс вначале добился успеха. А затем в районе Херат потерпел поражение.
Арслан Аргун через некоторое время приказал задушить Бори-Барса (1095). Султан Беркярук вышел в поход сам и Арслан Аргун был убит одним из рабов султана (3 февраля 1097 года). Беркярук назначил «царем» Хорасана своего брата Сенджера. В тот же год, Мухаммед б. Чагры из рода Сельджуков, получивший прозвище «эмир-и эмиран», возможно при помощи рода Газне, поднял восстание, но был разбит Сенджером. Караханское Государство снова было присоединено Беркяруком. Беркярук сыграл большую роль в восхождении на престол в Западном Караханском Государстве трех правителей. Он отдал в правление Гендже и окрестности своему брату Мухаммеду Тапару.