Gittikçe yoğunlaşan Manihaizm tesirleri dolayısıyla Uygurlar’da görülen gevşemeye karşılık, Yenisey bölgesinde yeni bir kudret halinde kendini gösteren ve 20 yıldan beri Orhun bölgesini baskı altında tutan Kırgızlar 840 yılında kalabalık kuvvetlerle Uygur topraklarına girdiler. Kara-Balasan’u zapt ederek hakanı öldürdüler. Ahaliyi kılıçtan geçirdiler. Ötüken’de devletleri yıkılan Uygurlar kütleler halinde yurtlarını terk ederek Çin sınırlarına ve daha kesif olmak üzere, zengin ticaret merkezlerinin bulunduğu İç-Asya’ya, Beş-balık, Turfan, Kuça vb. sahasına göçtüler.

Hakanın ailesinden iki kadreş tarafından idare edilen bu göçten sonra Uygur tarihinin ikinci safhası başladı. Göç sırasında, başlarında, kendileri tarafından “kağan” seçilen prens Vu-hi Tegin (841846)’in bulunduğu Uygurlar bir müddet bazen Kırgızlar, bazen Çinliler tarafından hırpalandıktan sonra, bir kısmı Çin tabiiyetine girerken, diğerleri, 5. asırdaki eski yurtlarına, batıya doğru yollandılar ve her iki tarafta da devletler kurdular. Fakat bunlar artık “Bozkır Türk Devleti”’nden farklı idiler. Hakimiyeti genişletme düşüncesinde olmamış, büyük siyasî çatışmalara girmemiş, başta Çin hükümetleri olmak üzere, komşuları ile dostluk ve ticaret münasebetlerini devam ettirmeyi tercih etmişlerdir.