Киргизы не смирились с российской оккупацией своих территорий и в 1876 году под предводительством Абдуррахмана Абтабачъ начали восстание. За ним, в 1885 году последовал и Дервиш Хана Тора, который начал освободительное движение в Оше. Восстание киргиз не прекращалось. 17-18 мая 1898 года мулла мечети Минтепе в Андижане киргиз Ишан Мухаммед Сабыроглу собрал людей и напал на российский гарнизон. Но киргизы понесли большие потери, так как российские войска были оснащены современным оружием. 380 пленных киргизов были казнены русскими. После этих событий 208 киргизов были высланы в Сибирь, так как отказались приветствовать русского генерала стоя на коленях. 6 августа 1916 года киргизы снова начали большое вооруженное восстание, и объединились в национально-освободительное движение, которое стремительно распространялось по всей Средней Азии. Но киргизы вновь понесли тяжелые потери. Восстание было жестоко подавлено российскими войсками. Оставшиеся в живых 300 тысяч киргиз бежали в Китай. Несмотря на большие потери и переселение народа, национальные комитеты киргизов начали снова действовать в 1917 году после прихода к власти большевиков. Национально-освободительная борьба киргизов продолжалась до 1929 года.
Полувековая национально-освободительная борьба киргизов была завершено в период деспотического режима Сталина. В 1924 году Киргизстан был провозглашен Россией Автономной Республикой, а в 1926 году - Советской Социалистической Республикой.