В 1554 году когда русские захватили земли Астраханского Ханства, представитель династии Яр Мухаммед хан сбежав прибывает в Бухару. Сын Яр Мухаммеда Джан стал мужем дочери правителя Бухары шейбанида Искендера. Родившийся от этого брака Баки Мухаммед, в 1599 году объявил себя ханом Бухары, когда побежденное сафевитами Узбекское Ханство распалось.
Основанное таким образом Бухарское Ханство просуществовало около 185 лет как независимое государство. Такие большие центры как Фергана и Балх принадлежали Бухарскому Ханству до 1700 и 1740 года соответственно.
это время правителем Ирана становится Надир Шах из авшарского рода Огузов. Этот шах в 1740 году вошел в Мавераннахр. Хан Бухары того времени вынужден был признать Иранское господство и оставил Балх.
Бухарское Ханство не стало преследовать захватническую политику. Старалась только защитить имевшиеся земли.
1758-1785 годах, во время правления последнего правителя Бухарскогго Ханства, государство перешло в руки отюреченных монгол-мангытов. Мангытам принадлежали Маверннахр, Туркменистан, часть Хорасана и южный Туркестан. Предводитель мангытов Мираншах Мурад захватил престол Бухарского Ханства. Таким образом поменялась династия Бухарского Ханства.
время мангытов границы государства постепенно сужались и в конце концов осталась лишь область Бухары и Самарканда. К концу 19 века, постепенно проникающие в Туркестан русские захватили земли мангытов. После революции в России Бухара как и другие земли была присоединена к России. Бухара, в первых веках исламского влияния была одним из больших городов и культурных центров земли. Здесь учились и работали много ученых и писателей, поэтов. Самый великим и известным ученым был Эбу-Абдуллах Мухаммед Бухари, ученый Хадиса.