Ханство
В начале 15 века в Восточном Туркестане и старой земле уйгуров правила династия Чагатая. Они в свое время приняли ислам и воевали с не мусульманами ойратами и калмыками.
Правитель чагатайцев, Веиз хан между 1418-1428 годами с одной стороны правил государством, с другой стороны рыл оросительные каналы и старался развивать сельское хозяйство. Был полновластным хозяином в Кашгаре, Яркенте, Хотане и окрестностях.
После смерти Веиз хана в 1429 году его сыновья Эсен Буга и Юнус Бек начали борьбу за престол. Эмир Доглат Сейид Али поддержал Эсен Бугу и тот взошел на трон. Ученый и Юнус Бек ушел под покровительство потомка Тимура Улуг Бека.
Юнус Бек все же не отказался от престола, и ждал удобного случая. Такая возможность представилась в 1462 году со смертью Эсен Буги. Юнус Бек при поддержке потомка Тимура Эбу Саид хана завоевал весь западный Чагатай. Но Кашгар, Яркент и Хотан остался принадлежать тюркской семье Долгат, которые лишь казались верными чагатайскому Ханству.
После смерти потомка Тимура Эбу Саида, его сыновья начали враждовать. К этим распрям присоединился и Юнус хан. В 1484 году завоевав Ташкент у потомков Тимура, переносит сюда свою столицу из Турфана. После смерти Юнус хана в 1486 году его место занимает сын Ахмед хан. Совершивший успешные походы против ойратов и калмыков, Ахмед хан завоевывает Кашгар и Енихисар. Сам он правил в Аксу и Турфане, в старом уйгурском крае, а брат Махмуд хан проживал в Ташкенте и правил западной частью страны.
это время, служивший Махмуд хану шейбанид Мухаммед в Туркестане объявляет себя ханом и входит в Самарканд. В связи с этим братья Ахмед хан и Махмуд хан объединив силы выступают против Шейбанида. Но в этой войне Шейбанид побеждает и захватывает братьев в плен. Шейбанид Мухаммед, присоединив к своим землям Ташкент и Сайрам отпускает братьев.
1503 году Ахмед хан умирает и его место занимает сын Мансур. Мансур упоминается как Уйгур хан. Кашгаром, Яркентом и Кокандом управлял его брат Саид хан. Два брата старались распространять ислам.
Уйгурский(Турфан) хан Мансур умер в 1543 году. После его смерти как обычно началась борьба за трон. К тому же эти раздоры подстрекались Китаем. Но и ослабев Турфанское Ханство просуществовало еще долгое время.
место Саид хана, который управлял Кашгарской стороной Ханства, в 1565 году пришел его сын Абдуррешит. Однако на ханство постоянно нападали долгаты, киргиз-казахи, ханство уменьшалось, и к концу 16 века остался только Кашгар. И во времена рода Манчу(1644-1911) было присоединено к Китаю. Но восстания продолжались.
1866 году Якуб Бей поднял восстание с целью восстановления независимости Туркестана. Якуб Бей упоминается под именем «Аталык Гази». Объявив о независимости от Китая он провозгласил себя ханом. Восточный Туркестан находился под угрозой Китая с востока, России с севера и Англичан с юга.
Пока эти государства обещали ему различные блага и ждали возможности присоединить эти земли себе, Якуб хан знал что на самом деле он должен присоединиться к Османской Империи. И в 1870 году через послов выразил покорность Султану Абдулазизу.
Османы смогли помочь лишь тем что отправили военных инструкторов и оружие. Потому что у самих было тяжелое положение.
1877 году Якуб хан умер и сопротивление было сломлено. В это время китайцы завоевали Кашгар-Турфанское (Чагатайское) Ханство и назвали Синкианг (Синджан), которое обозначало «новая завоеванная страна».