Первым большим каганом этого государства был Шараф ад-Давла Абу-Шуджа Сулейман б. Юсуф. Подданный этого государства один из членов династии провёл в 1043-44 г. собрание для определения направлений деятельности. Они захватили некоторую часть Ферганы и Озкент. Тюркское племя, проживавшее между Булгаром и Баласагуном и состоявшее из десяти тысяч шатров, приняло Ислам в сентябре-октябре 1043 г. Сулейман был справедливым правителем и позволял тюркам- не мусульманам вести безопасную жизнь в пределах своего государства, однако у него возникли проблемы со своим братом Мухаммедом. Последний бросил брата в заточение и провозгласил себя большим каганом, однако и он оставил престол своему сыну Хусейну спустя 15 месяцев (1057-58).

С другой стороны, вторая жена Мухаммеда, с целью посадить на трон своего сына Ибрагима, с помощью заговора устранила многих членов своей семьи, включая Хусейна. Таким образом, Ибрагим взошёл на престол.

В это время, большой каган западного Караханидского государства Ибрахим б. Наср I, захватил Фергану. Правитель восточного Караханидского государства Ибрахим был убит одним из членов своей семьи; пост великого кагана занял Махмуд б. Юсуф. Махмуд, объединившись с ал-Хасаном б. Сулейманом, приступил к возвращению земель, уступленные западным Караханидам. В результате между двумя сторонами был заключён договор, по которому границей между государствами считалась Сыр-Дарья (Сейхун) и восточная Фергана отошла к восточным Караханидам.

Занявший место Махмуда его сын Омар правил лишь в течение двух месяцев. Его место занял Бугра Хан ал-Хасан б. Сулейман (1075). Крупная победа караханидской армии, состоявшей из 40.000 мусульманских воинов, одержанная над семисоттысячной немусульманской армией, предположительно произошла во время этого правителя.

Когда сельджукский султан Меликшах продвинулся вплоть до Озкента, ал-Хасан (или Харун) был вынужден признать его власть. Спустя короткое время брат Хасана Якуб занял самаркандский трон. Хасан подавил этот мятеж, но не выдал своего брата султану Меликшаху. Когда Меликшах повторно занял Озкент Хасан, объявил о своём подчинении и отправил Меликшаху Якуба вместе со своим сыном (1090). В это время Тугрул б. Йинал захватил Хасана в плен. В свою очередь, Меликшах, заключил договор с Якубом против Тугрула.

Предположительно после этого Ал-Хасан вырвался из плена Тугрула. В 1128 году его сын и преемник Ахмед нанёс сокрушительное поражение кара-китаям в расстоянии нескольких дней от Кашгара и, таким образом, остановил их продвижение на запад.

Сын Ахмеда, Ибрагим II, обратился за помощью к кара-китаям, чтобы противостоять своим противникам. Кара-китаи захватили Баласагун и оставили Ибрахиму титул «Илиг-и Туркмен». Восточной Караханидской столицей стал Кашгар.

После этого, в 1158 году, Кара- китаи направляют Ибрагима на восставших карлуков и скорей всего он погиб в одной из битв с ними. У него было два сына халифа в статусе Арслан ханов это - Мухаммед II и Эбу’ль-Музаффер Юсуф (февраль-март 1205 года). Бывший пленником у Восточных Караханидов и Кара-китаев, последний представитель рода Эбу’ль Фетх Мухаммед бин Юсуф, возвращаясь в Кашгар, в 1210/1211 годах, был убит в результате восстания так и не достигнув города.